Univerzitní zahrada byla založena před 230 lety, r. 1775 v Praze na Smíchově. Kolem r. 1840 se v ní pěstovalo téměř 13 000 druhů a odrůd domácích i cizokrajných rostlin. Pro časté záplavy byla zahrada přemístěna na pozemek odkoupený od „Společnosti pro zvelebování zahrad“, podporované mj. knížetem Rohanem. Na současném místě byla otevřena spolu s novými botanickými ústavy české i německé univerzity v roce 1898 (budovy Benátská 2 a Viničná 5). Sbírky rostlin ze Smíchova byly rozděleny mezi obě univerzity rovným dílem. Převzaty byly rovněž sbírky ze skleníků „Společnosti“; část z nich se dochovala dodnes, proto je stáří některých palem, cykasů a dalších rostlin odhadováno na více než 130 let. Při náletu 14.2.1945 byly silně poškozeny a později strženy skleníky německé univerzity. Po osvobození převzala obě části zahrady jako celek Univerzita Karlova. Do osmdesátých let minulého století byla zahrada formálně propojena s katedrou botaniky, od té doby je samostatnou správní jednotkou.