Skleníky prošly v létech 1997-2000 komplexní rekonstrukcí, která zvětšila jejich plochu na 2 000 m², z toho vlastní expoziční plocha činí 1 600 m², zbytek představuje pěstební skleníky a technické zázemí. Rozdělují se na tropickou a subtropickou část.

Tropické skleníky

Vstupní centrální část s nejvyšší kupolí (střechou) je věnována zejména cykasům a nově i palmám. Mezi cykasy dominují zejména mohutné exempláře jihoasijského druhu Cycas circinalis, staré přes 130 let. Nalezneme zde však i další zástupce cykasovitých rostlin jako jihojaponský Cycas revoluta nebo zástupce afrického rodu Encephalarthos či amerických druhů rodu Zamia; cykasovité rostliny jsou vesměs dvoudomé, takže jsou obvykle zastoupeny pouze jedním pohlavím – převládají exempláře s mohutnými samčími šisticemi. V zadní části tohoto prostoru byla nově vytvořena pěkná kolekce většího počtu druhů mladých palem, kde jsou zastoupeny jak palmy se zpeřenými, tak s dlanitě se trhajícími listy; prostor doplňují z nápadnějších druhů dračince (Dracaena) a mohutné rostliny z čeledi rdesnovitých, zejména velkolistá Cocoloba, která je dnes často pěstována jako dominanta velkých firemních či hotelových interiérů.

Největší prostor je v další části skleníku věnován rostlinám tropického lesa, zejména paleotropů, v bylinném patře je bohatě zastoupena zejména čeleď Araceae. Velmi ilustrativní je sbírka tropických kapradin, umístěná na počátku vlevo od cesty: nalezneme zde jak celou škálu terestrických kapradin (např. z rodů Polypodium, Asplenium, Blechnum), tak epifytní kapradiny z čeledi osladičovitých (Phlebodium, Platycerium, Drynaria), zajímavé svým listovým dimorfismem. Z vývojového (fylogenetického) hlediska jsou pak velmi zajímavé stromové kapradiny z čeledi Cyatheaceae, dorůstající i výšky několika metrů (reprezentované zatím mladšími exempláři) a zejména pak jediný zástupce tzv. tlustovýtrusnicových (eusporangiátních) kapradin z tropické Asie - Angiopteris evecta z čeledi marattiovitých (Marattiaceae). Na protější straně směrem k jezirku nalezneme kromě některých typických užitkových dřevin jako je kávovník (Coffea arabica) či papaja (Carica papaja) i větší počet druhů z čeledi paznehtníkovitých (Acanthaceae), kvetoucích bohatými květenstvími se zbarvenými listeny (některé, např. Pachystachys - tlustoklasec, kvetou po většinu roku).

Středem třetí části je jezírko s okrasnými kultivary leknínů a každoročně vysazovanou amazonskou viktorií Cruzovou (Victoria cruziana), náležející rovněž do čeledi leknínovitých; ta je známa svými velkými ostnitými okrouhlými „talířovitými“ listy a velkým, na jedinou noc rozkvétajícím květem. Z botanického hlediska jsou však v jezírku zajímavé např. kapradiny – mohutné Acrostichum aureum z tropické Asie, charakteristické pro vegetaci přímořských mangrove, či akvaristy často pěstovaná vodokapradina nepukalka vzplývavá (Salvinia natans) náležející k tzv. různovýtrusým kapradinám; během léta se rozrůstají i stříbrozelené „vějíře“ plovoucí aronovité rostliny Pistia stratiotes, na níž můžeme pozorovat, proč jsou tak blízce příbuzné převážně tropické aronovité rostliny s mohutnými palicovitými květenstvími a naše rybniční okřehky (Lemna a další rody) - moderní molekulární systematika je dokonce řadí do společné čeledi. Za jezírkem pak upoutá naší pozornost sbírka mohutných tropických jednoděložných bylin z čeledi banánovníkovitých (Musaceae), streliciovitých (Strelitziaceae) a zázvorovníkovitých (Zingiberaceae); zejména expozice poslední čeledi byla v posledních létech rozšířena a ve vhodném období potěší návštěvníka nádherně zbarvenými květenstvími.

Na zadní stěně je pak několik akvárií s tropickými druhy akvarijních ryb a rovněž zasklená výstavka masožravých rostlin a orchidejí, pocházejících ze sousedního pěstebního skleníku.

Subtropické skleníky,

do nichž vstupujeme z cykasového skleníku, jsou rozděleny na dvě části, vlhčí a suchou.

Vlhký subtropický skleník slouží k přezimování rostlin, umístěných v létě ve venkovní expozici vpravo od vchodu (tzv. oranžírunk); rostliny jsou v centrální části uspořádány geograficky: největší kolekce představují rostliny Středozemí a rostliny australské oblasti. Dominantami jsou např. exempláře novozélandské damaroně Agathis australis či australského "železného dřeva" (Metrosideros excelsa), jehož stáří přesahuje 100 let. Zejména v předjarním období zde kvetou zajímavé rostliny, jako mnohé druhy z tropické čeledi myrtovitých (Myrtaceae - Feijoa, štětkovec Callistemon apod.), dilleniovitých (Dilleniaceae) apod. Za pozornost stojí i rostliny, u nichž zakrňují listy a asimilační funkci přejímá často trnitý stonek; příkladem mohou být mnohé druhy chřestů (Asparagus), vyskytující se i ve Středozemí, či stromkovité kolécie (Colletia) z Jižní Ameriky. Část vnitřní expozice a parapet při Benátské ulici jsou pak věnovány kolekci subtropických nahosemenných dřevin, které u nás nejsou obvykle volně pěstovány (např. rody Taiwania, Cunninghamia, Podocarpus, některé araukárie apod.). Na parapetu se nachází též sbírka čajovníků (Camellia).

V koncové apsidě, návštěvníkům nepřístupné, je v zimě soustředěna kolekce mohutných stromovitých palem, vroubících v létě hlavní cestu zahradou, a některé další mohutné jednoděložné rostliny, jako tzv. novozélandské konopí z čeledi Phormiaceae.

Suchý subtropický skleník je věnován velké, trvalé expozici sukulentních rostlin, která je navíc neustále doplňována. Sukulence je klasickým příkladem tzv. konvergentního znaku, kdy pod vlivem určitých ekologických podmínek (v tomto případě suchého klimatu) vznikají u nepříbuzných skupin organismů nějaké shodné znaky či přizpůsobení (v tomto případě zásobárny vody v podobě dužnatých stonků, listů i kořenů). Proto v naší expozici spatříme vedle nejznámějších a početně patrně nejvíce zastoupených sukulentů kaktusů (Cactaceae) i kolekce druhů z dalších čeledí, jako jsou kosmatcovité (Aizoaceae), pryšcovité (Euphorbiaceae), toješťovité (Apocynaceae) a z jednoděložných pak aloovité (Aloaceae – Aloe, Gasteria a Haworthia) či agávovité (Agave, Nolina). Možná překvapivé je zastoupení i takových rodů, jako je např. starček (Senecio) z čeledi hvězdnicovitých (Asteraceae) či muškáty (Pelargonium) z čeledi kakostovitých (Geraniaceae), u nichž bychom sukulenci pravděpodobně neočekávali.

V největší části kolekce, zaměřené na čeleď kaktusovitých, je k vidění vedle klasických kulovitých či sloupovitých kaktusů i větší počet rozmanitých opuncií s článkovanými stonky. Za pozornost pak jistě stojí stromovitý exemplář jihoamerického rodu Pereskia s normálně vyvinutými kožovitými listy, u něhož příslušnost ke kaktusovitým odhalíme až po detailnějším prozkoumání stavby květu. Tato rostlina patří mezi vývojově nejpůvodnější kaktusy. Zajímavé jsou také v zadní vitríně rostoucí převislé kaktusy z rodu Rhipsalis z tropických lesů. Mají sice sukulentní asimilující stonky, rostou však obvykle jako epifyty na dřevinách, a proto nepotřebují pevné stonky s trny bránícími okusu zvěří.