Skleníky prošly v létech 1997-2000 komplexní rekonstrukcí, která zvětšila jejich plochu na 2 000 m², z toho vlastní expoziční plocha činí 1 600 m², zbytek představuje pěstební skleníky a technické zázemí. Rozdělují se na tropickou a subtropickou část.

Tropické skleníky

Vstupní centrální část s nejvyšší kupolí (střechou) je věnována zejména cykasům a nově i palmám. Mezi cykasy dominují zejména mohutné exempláře jihoasijského druhu Cycas circinalis, staré přes 130 let. Nalezneme zde však i další zástupce cykasovitých rostlin jako jihojaponský Cycas revoluta nebo zástupce afrického rodu Encephalarthos či amerických druhů rodu Zamia; cykasovité rostliny jsou vesměs dvoudomé, takže jsou obvykle zastoupeny pouze jedním pohlavím – převládají exempláře s mohutnými samčími šisticemi. V zadní části tohoto prostoru byla nově vytvořena pěkná kolekce většího počtu druhů mladých palem, kde jsou zastoupeny jak palmy se zpeřenými, tak s dlanitě se trhajícími listy; prostor doplňují z nápadnějších druhů dračince (Dracaena) a mohutné rostliny z čeledi rdesnovitých, zejména velkolistá Cocoloba, která je dnes často pěstována jako dominanta velkých firemních či hotelových interiérů.

Největší prostor je v další části skleníku věnován rostlinám tropického lesa, zejména paleotropů, v bylinném patře je bohatě zastoupena zejména čeleď Araceae. Velmi ilustrativní je sbírka tropických kapradin, umístěná na počátku vlevo od cesty: nalezneme zde jak celou škálu terestrických kapradin (např. z rodů Polypodium, Asplenium, Blechnum), tak epifytní kapradiny z čeledi osladičovitých (Phlebodium, Platycerium, Drynaria), zajímavé svým listovým dimorfismem. Z vývojového (fylogenetického) hlediska jsou pak velmi zajímavé stromové kapradiny z čeledi Cyatheaceae, dorůstající i výšky několika metrů (reprezentované zatím mladšími exempláři) a zejména pak jediný zástupce tzv. tlustovýtrusnicových (eusporangiátních) kapradin z tropické Asie - Angiopteris evecta z čeledi marattiovitých (Marattiaceae). Na protější straně směrem k jezirku nalezneme kromě některých typických užitkových dřevin jako je kávovník (Coffea arabica) či papaja (Carica papaja) i větší počet druhů z čeledi paznehtníkovitých (Acanthaceae), kvetoucích bohatými květenstvími se zbarvenými listeny (některé, např. Pachystachys - tlustoklasec, kvetou po většinu roku).

Středem třetí části je jezírko s okrasnými kultivary leknínů a každoročně vysazovanou amazonskou viktorií Cruzovou (Victoria cruziana), náležející rovněž do čeledi leknínovitých; ta je známa svými velkými ostnitými okrouhlými „talířovitými“ listy a velkým, na jedinou noc rozkvétajícím květem. Z botanického hlediska jsou však v jezírku zajímavé např. kapradiny – mohutné Acrostichum aureum z tropické Asie, charakteristické pro vegetaci přímořských mangrove, či akvaristy často pěstovaná vodokapradina nepukalka vzplývavá (Salvinia natans) náležející k tzv. různovýtrusým kapradinám; během léta se rozrůstají i stříbrozelené „vějíře“ plovoucí aronovité rostliny Pistia stratiotes, na níž můžeme pozorovat, proč jsou tak blízce příbuzné převážně tropické aronovité rostliny s mohutnými palicovitými květenstvími a naše rybniční okřehky (Lemna a další rody) - moderní molekulární systematika je dokonce řadí do společné čeledi. Za jezírkem pak upoutá naší pozornost sbírka mohutných tropických jednoděložných bylin z čeledi banánovníkovitých (Musaceae), streliciovitých (Strelitziaceae) a zázvorovníkovitých (Zingiberaceae); zejména expozice poslední čeledi byla v posledních létech rozšířena a ve vhodném období potěší návštěvníka nádherně zbarvenými květenstvími.

Na zadní stěně je pak několik akvárií s tropickými druhy akvarijních ryb a rovněž zasklená výstavka masožravých rostlin a orchidejí, pocházejících ze sousedního pěstebního skleníku.

Subtropické skleníky,

do nichž vstupujeme z cykasového skleníku, jsou rozděleny na dvě části, vlhčí a suchou.

Vlhký subtropický skleník slouží k přezimování rostlin, umístěných v létě ve venkovní expozici vpravo od vchodu (tzv. oranžírunk); rostliny jsou v centrální části uspořádány geograficky: největší kolekce představují rostliny Středozemí a rostliny australské oblasti. Dominantami jsou např. exempláře novozélandské damaroně Agathis australis či australského "železného dřeva" (Metrosideros excelsa), jehož stáří přesahuje 100 let. Zejména v předjarním období zde kvetou zajímavé rostliny, jako mnohé druhy z tropické čeledi myrtovitých (Myrtaceae - Feijoa, štětkovec Callistemon apod.), dilleniovitých (Dilleniaceae) apod. Za pozornost stojí i rostliny, u nichž zakrňují listy a asimilační funkci přejímá často trnitý stonek; příkladem mohou být mnohé druhy chřestů (Asparagus), vyskytující se i ve Středozemí, či stromkovité kolécie (Colletia) z Jižní Ameriky. Část vnitřní expozice a parapet při Benátské ulici jsou pak věnovány kolekci subtropických nahosemenných dřevin, které u nás nejsou obvykle volně pěstovány (např. rody Taiwania, Cunninghamia, Podocarpus, některé araukárie apod.). Na parapetu se nachází též sbírka čajovníků (Camellia).

V koncové apsidě, návštěvníkům nepřístupné, je v zimě soustředěna kolekce mohutných stromovitých palem, vroubících v létě hlavní cestu zahradou, a některé další mohutné jednoděložné rostliny, jako tzv. novozélandské konopí z čeledi Phormiaceae.

Suchý subtropický skleník je věnován velké, trvalé kolekci sukulentních rostlin, která je neustále doplňována. Sukulence je klasickým tzv. konvergentním znakem, podmíněným aridním klimatem, v němž rostliny rostou, a vyskytujícím se tak u mnoha čeledí krytosemenných rostlin. Proto zde spatříme vedle nejznámějších a početně nejvíce zastoupených „kaktusů“ (Cactaceae) kolekce druhů z dalších čeledí, jako jsou kosmatcovité (Aizoaceae), pryšcovité (Euphorbiaceae), klejichovité (Asclepiadaceae), z jednoděložných pak z asfodelovitých (Asphodelaceae – Aloe, Haworthia) či agávovitých (Agave, Nolina). Možná překvapivé je zastoupení některých rodů, u nichž obvykle sukulenci nepředpokládáme, jako je složnokvětý starček (Senecio) či pelargonie z čeledi kakostovitých (Geraniaceae).

V největší sbírce z čeledi kaktusovitých uvidíme vedle klasických kulovitých (Mamillaria a další rody) či stromovitých (Cereus a další rody) kaktusů i vetší počet opuncií (Opuntia) s článkovanými a někdy i beztrnnými stonky, a zejména pak stromky jihoamerického rodu Pereskia s normálně vyvinutými kožovitými listy, u nichž příslušnost ke kaktusovitým poznáme až podle stavby květu; představují vývojově nejpůvodnější kaktusy. Zajímavé jsou také v zadní vitríně rostoucí převislé kaktusy z rodu Rhipsalis z tropických lesů: mají sice sukulentní asimilující stonky, rostou však obvykle jako epifyty na dřevinách, a proto nepotřebují pevné stonky s trny bránícími okusu zvěří.